Im südlichen Fenster des Chores war die Legende des Ordensgründers der Minoriten, des hl. Franziskus, in sieben großen Medaillons dargestellt. Dabei wurden die Ereignisse in Erzählung und Deutung dem Leben Christi angenähert. Solche Christomimesis ist in mittelalterlichen Zyklen von Heiligenlegenden vielfach zu beobachten. Die untere Szene "Franziskus sagt sich von seinem Vater los" war der Gefangennahme Christi gegenüber gestellt, "Franziskus wird von den Räubern geschlagen" der Geißelung Jesu. In der unter sten Zeile kniet betend Wenzeslaus Maeller als Stifter oder Auftraggeber der Fenster, bezeichnet als „Lector". Er war Mitglied des Konvents. Sein Tod im Jahr 1371 liefert ein äußerstes Datum für die Vollendung der Fenster.
Von den ursprünglich vorhandenen 45 farbigen Scheiben des Südfensters ist nur knapp die Hälfte erhalten, viele nur als Fragment. Die Medaillons, wie im Nordfenster wechselnd rot und blau, stehen vor einem Grund aus grünen Rauten, die von kleinen gelben Eichenblättern eingefaßt wurden.
